Возможности

А как можно сдать на склад, если принять можно только целиком?
Я не могу принять только 3 из 10, я могу принять только 10, может я что то упустил?

Нет. Это не так.
Читаем внимательно:
Выделяете из общего количества столько, сколько нужно запустить/сделать сейчас. Запускаете в производство.
Потом, когда следующую партию таких же нужно поделать, выделяете из оставшегося количества столько, сколько нужно, запускаете.
И так пока всё не сделаете.

Вовсе не обязательно запускать в производство сразу все 40, 50, 100 и т.д. штук.

Резюме:
Есть минимальный уровень учёта. Можно его использовать. Там вообще всё равно.
Можно разделять общее количество на партии запуска, можно не разделять.
Можно сначала отмечать, что «готово», потом сдачу на склад оформлять, можно наоборот. Можно вообще, что-то одно только делать из этого. Можно всё сдавать за раз на склад, можно по чуть-чуть за 10 подходов.
Без разницы, можно как угодно.

Если вы хотите использовать «высокий» уровень учёта (как здесь в примере), то выдавайте правильно задания производству. Если вы даёте задание сделать не все 46 шт, а пока только 5 (10, 20 и т.п.), то выделяйте из общего количества столько сколько нужно сделать сейчас (см. ссылку выше), и запускайте в производство.
А уж если вы правильно даёте задания, и реально запустили сразу N штук, то добивайтесь, чтобы ваше задание было выполнено. Чтобы вам N штук и сделали. А не K и не M штук (см. особенности «высокого» уровня учёта).

Иными словами, если говорить о "высоком" уровне учёта, то нужно чётко говорить, сколько и чего сейчас нужно сделать. И столько и делать, сколько задали. А не просто "ссыпать" в цех общее количество на месяц и чертежи, а потом "как получится". Сколько сделают, столько сделают. Как пойдёт...

P.S. Справедливости ради, надо отметить, что и на «высоком» уровне учёта есть возможность сдать не всё, а только часть из того, что надо сделать по заданию. Но сейчас не буду подробно в это вдаваться, т.к. судя по вышесказанному, это не ваш случай.
Это нужно, например, в ситуации, когда по заданию нужно сделать 10 шт, но не за смену успели, к примеру, только 8. Остальные доделают завтра утром. Но нужно сейчас те 8, которые есть, сдать на склад, а завтра оставшиеся две. Так тоже можно, и для этого есть специальные возможности на «высоком» уровне.
Но, мне кажется, вам более актуально не это, а то что написано выше (разделение общего кол-ва в заказе на несколько партий при изготовлении).

Ок.
Так бы сразу и сказали

Тогда так.
Задание выданное разделить (после рис. 51 и дальше). Сегодняшнюю часть закрыть (принять).
Стандартными средствами оформить накладную сдачи на склад, но в количестве там указать, сколько реально сдали сегодня.
Завтра доделать. Закрыть вторую половинку задания, сдать на склад оставшееся.

Совет:

Настоятельно рекомендую для начала потренироваться с данными функциями на тестовой базе. Если у вас таковой до сих пор нет, то сделайте (копию с рабочей).
Сначала там, где не жалко данные попортить, и потом всё снести можно, потренируйтесь. Попробуйте, посмотрите, что получается. Отработайте правильную последовательность действий. Можно мини-инструкцию для себя составить, как правильно делать в таких случаях.
И потом по этой инструкции уже делайте на рабочей базе, когда возникает такая необходимость.