автоматическое закрытие лимитных карт

Заявки (ЛЗК, Требования) "исчезают" из расчёта обеспеченности, когда "закрывается" заказ (карта заказа), с которым они связаны.
Т.е., когда в "производственных заказах" на соответствующей строчке нажимаем "отметить, как законченные".

Признак "готовности" отдельной детали (сборочной единицы) не является критерием для того, чтобы сразу исключать из расчёта связанные с ней запросы на склад.
Потому что:
Не всегда выдача отмечается физически реально в момент расхода со склада. То есть ДО изготовления. Так отмечается, когда есть физически именно отдельный склад, и выдача там только через кладовщика, и он ничего не выдаёт, не отметив сразу же в программе. Да и то не всегда. А бывают кроме этого достаточно часто варианты, когда физически склад представляет собой стоящий в цехе стеллаж, с которого сборка берёт детали, какие нужно, когда нужно. И никто прямо непосредственно в этот момент это не отмечает. Вообще "расход", отмечается, конечно, в программе, но не обязательно ДО того, как готова соответствующая позиция. Вполне можно и после. Это в принципе всё равно, по большому счёту. На точность и корректность расчёта дефицита не влияет в такой ситуации. Хоть "до", хоть "после" отмечай. Главное, чтобы вообще отметили. А чтобы не забыли вообще отметить, в современной версии при "закрытии" заказа как раз (после чего исключается всё с ним связанное из расчёта обеспеченности) выдаётся предупреждение, если есть подозрение, что что-то забыли списать со склада, связанное с этим заказом, и пытаемся его закрыть.
Также, вполне распространённый вариант - когда запрос на склад (заявка, лзк, требование) связано не с одной позицией заказа, а с несколькими разными.

По поводу замен:
В этом случае чтобы было корректно, нужно "обнулить" в требовании (заявке, лзк) то, что заменили и уже не нужно. Если использовать механизм "Замены", то он именно так и делает. При замене он добавляет в запрос на получение со склада то, что выдаём взамен, и на соответствующую величину параллельно уменьшает запрос на то, что заменяем. Вплоть до нуля, если полностью заменяется всё запрошенное количество другой позицией (и для справки ещё приписывает автоматом в комментарий в запросе на склад, что это была замена такой-то позицией). И корректно тогда всё это отражается в "обеспеченности".
Если штатный механизм "замен" не используется, то по идее, нужно вручную убирать или "обнулять" то, что заменили (чтобы всё точно и корректно показывалось). Его же уже выдавать не нужно.

Кстати, почему?

Раньше был некий резон, что для получения ЛЗК именно нужно было проставлять "место хранения", которое не всегда известно (если не было на складе такого никогда ещё в программе), и это в некоторых случаях могло вызывать определённые затруднения.
Но в современной версии проблема решается методом выделения строчек в "Номенклатуре" и нажатия кнопки "Задать место хранения".

Большие производственные заказы могут изготавливаться в течение года (есть прецеденты). Соответственно, заявки все это время висят и участвуют в обеспеченности. Это наша реальная ситуация сейчас.

Действительно, так можно сделать, только очень много времени занимает.
В день у нас изготавливается 100-300 деталей, для каждой ручками найти заявку по номеру, это отдельного человека нужно нанимать.

Да, это нормальный вариантЭто отличный вариант!