Выдача/возврат инструмента

По типам связей:

Какой тип связи использовать, имеет значение только в том случае, если в дальнейшем эту информацию каким-либо образом использует какой-то из модулей программы. В данном случае - никакой пока никак не использует (по крайней мере из тех,  что есть на сегодняшний день). Поэтому, по большому счёту, всё равно.
Лично я бы, наверное, сделал так:

Для "передачи" (не важно, в какую сторону) завёл бы новый тип связи. Исходя из того, что сущность операции "передачи" несколько отличается от "расхода". А вот кто кому передаёт – это, по-моему, не так важно, если говорить о типе операции (типе связи). Как этот новый тип связи называть, в принципе,  без разницы. Никакой программной обработки сейчас для него не предусмотрено. Если она и появится, то важен будет только уникальный идентификатор типа связи. А его, если что, можно и поменять в любой момент на нужный.

Для "расхода" (списания) я бы, пожалуй, использовал стандартный тип связи Расходная накладная (LT_Waybill_write_off), который применяется в модулях Складской учёт. По смыслу он, по-моему, вполне подходит.

По поводу "идеологического" смысла документов-оснований (расчётных документов):

Первое, что даёт наличие документа-основания, это возможность зафиксировать не только факт движения товарно-материальных ценностей, но и ещё до этого момента зафиксировать потребность, т.е. факт того, что движение нужно, и какое именно. Представьте, например, что вы хотите получить на складе инструмент, а его там нет в наличии. Его ещё нужно купить сначала и на склад положить, прежде чем взять. То есть никакого движения (учётных документов) пока ещё нет. Но записать где-то надо, чего и сколько требуется. Чтобы знать, чего не хватает, чего сколько покупать. Вот тут и помогает для этой цели документ-основание (лимитно-заборная карта, заявка, требование и т.п.).

Следующий этап - выдача со склада. Фактически выданное количество - понятно. Оно в расходной накладной (или аналогичном по смыслу учётном документе) написано. Сколько выдали - ясно. А много это или мало? Всё выдали, что нужно, или не всё? Или, может, наоборот, даже больше выдали, чем нужно? Чтобы это понять, надо знать не только, сколько выдали, но и сколько должны были выдать по плану. Чтобы было с чем сравнивать. Эта цифра  (сколько было затребовано) опять же есть в документе-основании.

Ну и, наконец, наличие документа-основания значительно упрощает жизнь простому кладовщику. Я бы даже сказал, в корне меняет её (особенно при наличии соответствующих интерфейсов для работы, как, например, в модулях Складской учёт - Приход и Расход). Для примера, представьте себе выдачу со склада каких-нибудь электронных компонентов. По одной накладной за раз выдаётся наименований 150. Длинные-предлинные названия, половина из которых отличаются одной-двумя цифрами где-нибудь в середине. И номенклатура этих компонентов разных в базе этак тысяч 25. Представьте себе, как выгладит в такой ситуации составление вручную кладовщиком спецификации расходной накладной. Каждую позицию найти в базе, вставить, указать количество и т.д. Он вас проклянёт. Вручную написать накладную ручкой на бумаге быстрее. А при наличии документа-основания и правильно организованной работе с ним – ничего заполнять/составлять не надо вообще! Сразу есть готовая «рыба» расходной накладной. Список с количествами. Остаётся только по этому списку собрать всё и, если что, где-то цифры подправить (сколько реально выдал). И бумажку распечатать.

Это не то, что «лучше». Это качественно другой уровень жизни. В первом  случае (составление накладной вручную без документа –основания) кладовщика вы обрекаете на ежедневные мучения. Вас, программу и компьютеры вообще он скоро будет искренне ненавидеть. Все остальные тоже получат в результате мало пользы. Ибо вводить данные он будет с большим запозданием, скорее всего, не все и при этом с кучей ошибок. При автоматизированном составлении расходной накладной по документу-основанию и правильно организованном процессе кладовщику программа помогает. Она облегчает его работу, упорядочивает. Плюс документы вручную составлять/оформлять не надо, они сами получаются. И все остальные имеют максимально достоверную, своевременную и точную картину, насколько это вообще возможно с учётом прочих факторов.

Резюме:
С технической точки зрения, а также если в простейшем случае рассматривать только задачу контроля движения (инструмента или любых других товарно-материальных ценностей), расчётные документы (документы-основания), в принципе, не нужны.
Если смотреть на проблему шире, то преимущества наличия документа-основания я вам привёл.