Почему это происходит?

Вероятно, по ошибке эту заявку "прикрепили" не к тому складу.

Откройте общий справочник "расчётные документы" (меню "Рабочая" -> "Расчётные документы").

По номеру найдите нужную "заявку". Встаньте на неё и откройте зависимое окно "Связанные объекты" (вкладка меню "Правка") - рис.1.

В окне "связанные объекты" посмотрите, что числится, как связанный объект "Поставщик" (рис.2). Это и есть склад, к которому "прикреплена" заявка. Т.е. с которого определили по ней забирать.

Ели не то, что нужно, то измените на то, что должно быть - Double click и изменить (рис.3).

Ну и при оформлении отгрузки через "складской учёт - расход" смотрите, что выбран нужный склад (рис.4).
Сообщение "не совпадают поставщики" появляется, если склад, указанный в заявке, с которого забирать, не совпадает с выбранным, с которого делать "расход".

В этом режиме не предусмотрена "отгрузка по заявке". По крайней мере в текущей версии программы.

Ну это одно с другим не связано. Завершить работу можно в любом случае. Если по мнению программы в этот момент не всё отгружено, то она просто выласт сообщение (предупреждение) об этом. Но "закрыть" заявку это не мешает.