Думаю, дело в следующем:
При формировании состава заказа модулем "Расчёт комплектации" (если, например, выбрать "по спецификации" при создании заказа), программа не только вставляет в карту заказа деталь, но и устанавливает ссылку (из карты заказа) на тот техпроцесс, который в данном случае (заказе) используется для этой детали.
Эта связь и не даёт удалить техпроцесс.
Технически карта заказа - коллекция компонентов.
Деталь в ней - компонент.
Связанная коллекция компонентов (у компонента-детали) - связь с ТП.
Если удалить деталь из карты заказа штатными средствами (окно "состав"), то связь с техпроцессом автоматически удаляется (программа предупреждает об этом и потом удаляет).
Можно деталь в заказе оставить, а связь с ТП удалить, но это уже руками через "компоненты" надо делать.